Berikut adalah sejarah singkat Pengadilan Negeri Kebumen :
Pengadilan Negeri Kebumen yang dahulu merupakan bagian dari Departemen Kehakiman.
Departemen Kehakiman (sekarang Kemenkumham) resmi dibentuk pada 19 Agustus 1945, bersamaan dengan pembentukan kabinet pertama RI. Prof. Mr. Dr. Soepomo menjabat sebagai Menteri Kehakiman pertama, yang memimpin transisi sistem hukum kolonial Belanda (Departemen Van Justitie) yaitu berdasarkan peraturan Herdeland Yudie Staatblad No.576 menjadi sistem hukum nasional Indonesia di awal kemerdekaan.
Dalam sidang PPKI tahun 1945 menetapkan mengenai Departemen Kehakiman dalam struktur Negara menurut UUD. Dalam UUD tadi disebutkan departemen termasuk Departemen Kehakiman yang mengurus tentang pengadilan, penjara, kejaksaan dan sebagainya.
Pengalihan Peradilan Umum dan Peradilan Tata Usaha Negara dari Kementerian Hukum dan Hak Asasi Manusia ke Mahkamah Agung berawal dari Undang-Undang No 35 Tahun 1999 tentang Ketentuan-ketentuan Pokok Kekuasaan Kehakiman yang kemudian dijabarkan dalam Undang-Undang No. 4 Tahun 2004 tentang Kekuasaan Kehakiman dan Undang-Undang No. 5 Tahun 2004 tentang Perubahan atas Undang-Undang No. 14 Tahun 1985 tentang Mahkamah Agung. Pada tanggal 23 Maret 2004 Presiden Megawati mengeluarkan Keputusan Presiden RI No. 21 Tahun 2004 tentang pengalihan organisasi, administrasi dan finansial dan lingkungan Peradilan Umum dan Tata Usaha Negara, Pengadilan Agama ke Mahkamah Agung yang kemudian ditindaklanjuti dengan serah terima Pengalihan organisasi, administrasi dan finansial di lingkungan Peradilan Umum dan Peradilan Tata Usaha Negara ke Mahkamah Agung pada tanggal 31 Maret 2004.
Pada mulanya Pengadilan Negeri Kebumen menempati sebuah gedung yang berada di Kompleks Perkantoran Pemerintah Daerah Kabupaten Kebumen, di Jalan Pahlawan, Kabupaten Kebumen, kini dipergunakan sebagai Aula Sekretariat Daerah di lingkungan Sekretariat Daerah Kabupaten Kebumen.
Selanjutnya sejak tanggal 20 Februari 1986, Kantor Pengadilan Negeri Kebumen telah berpindah ke gedung baru yang terletak di Jalan Indrakila Nomor 15, Kabupaten Kebumen yang dipergunakan hingga sekarang. Peresmian penggunaan gedung baru dilakukan oleh Dr. Dimyati Hartono, S.H., yang pada saat itu menjabat sebagai Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman, Propinsi Jawa Tengah, dan Beliau pernah menjadi Guru Besar Fakultas Hukum Universitas Diponegoro, Semarang serta pernah pula menjadi Anggota DPR Republik Indonesia.
Sejak pengalihan sesuai Keputusan Presiden No. 21 Tahun 2004 maka Pengadilan Negeri Kebumen mempunyai tugas pokok dan fungsinya di bawah naungan Mahkamah Agung Republik indonesia yang merupakan wilayah provinsi Jawa Tengah sebagai tingkatan peradilan diatasnya sesuai Surat Edaran Pengadilan Tinggi Jawa Tengah No. 3 Tahun 2024.
Pengadilan Negeri Kebumen merupakan wilayah hukum Pengadilan Tinggi Jawa Tengah yang semula Pengadilan Negeri Kelas II B, dengan peningkatan kinerja dan bertambahnya beban kerja Pengadilan Negeri Kebumen pada tahun 2017 menjadi kelas I B sesuai SK KMA Nomor : 207/KMA/SK/VI/2022 sampai dengan sekarang.
Pengadilan Negeri Kebuman mempunyai Motto KOMPAK (Komunikikatif, Optimal, Melayani, Profesional, Akuntabel, Kolaboratif) untuk menuju Pengadilan Negeri Kebumen yang UNGGUL.
Semenjak berdirinya Pengadilan Negeri Kebumen hingga sekarang kini telah banyak mengalami pergantian pimpinan, yaitu sebagai berikut :
| NO | NAMA PIMPINAN | MASA JABATAN |
| 1. | PRAPTO, S.H | – 1984 |
| 2. | RIYANTO, S.H | 1984 – 1990 |
| 3. | HADINATA, S.H | 1990 – 1992 |
| 4. | ALIP HAMZAH, S.H. | 1992 – 1993 |
| 5. | SYAMSUL ANWAR, S.H. | 1993 – 1995 |
| 6. | TOGAR SIBARANI, S.H. | 1995 – 1997 |
| 7. | ABDURAHMAN D, S.H. | 1998 – 1999 |
| 8. | Noort Jahjono Wijayanto Saputro, S.H. |  MASA JABATAN 1999-2000 |
| 9. | Husni Rizal, S.H. |  masa jabatan 2000-2003 |
| 10. | Widiyono, S.H. |  masa jabatan 2003-2005 |
| 11. | Hartadi, S.H. |  masa jabatan 2005-2008 |
| 12. | H. A. S. Pujo Harsoyo, S.H., M.H. |  masa jabatan 2008-2009 |
| 13. | Barmen Sinurat, S.H., M.H. |  masa jabatan 2009-2010 |
| 14. | Hanoeng Wijayanto, S.H., M.H. |  masa jabatan 2010-2012 |
| 15. | H. Duta Baskara, S.H., M.H. |  masa jabatan 2012-2014 |
| 16. | Marolop Simamora, S.H., M.H. |  masa jabatan 2014-2015 |
| 17. | Agung Ciptoadi, S.H., M.H. |  masa jabatan 2016-2017 |
| 18. | Sapto Supriyono, S.H., M.H. |  masa jabatan 2017-2021 |
| 19. | Edi Subagiyo, S.H., M.H. |  masa jabatan 2021-2021 |
| 20. | R. Agung Aribowo, S.H. |  masa jabatan 2021-2023 |
| 21. | Dr. Etik Purwaningsih, S.H., M.H. |  masa jabatan 2023-2024 |
| 22. | Endi Nurindra Putra, S.H., M.H. |  masa jabatan 2024-sekarang |