Pada mulanya Pengadilan Negeri Kebumen menempati sebuah gedung yang berada di Kompleks Perkantoran Pemerintah Daerah Kabupaten Kebumen, di Jalan Pahlawan, Kabupaten Kebumen, kini dipergunakan sebagai Aula Sekretariat Daerah di lingkungan Sekretariat Daerah Kabupaten Kebumen.
Selanjutnya sejak tanggal 20 Februari 1986, Kantor Pengadilan Negeri Kebumen telah berpindah ke gedung baru yang terletak di Jalan Indrakila Nomor 15, Kabupaten Kebumen yang dipergunakan hingga sekarang. Peresmian penggunaan gedung baru dilakukan oleh Dr. Dimyati Hartono, S.H., yang pada saat itu menjabat sebagai Kepala Kantor Wilayah Departemen Kehakiman, Propinsi Jawa Tengah, dan Beliau pernah menjadi Guru Besar Fakultas Hukum Universitas Diponegoro, Semarang serta pernah pula menjadi Anggota DPR Republik Indonesia.
Semenjak berdirinya Pengadilan Negeri Kebumen hingga sekarang kini telah banyak mengalami pergantian pimpinan, yaitu sebagai berikut :
| NO | NAMA PIMPINAN | MASA JABATAN |
| 1. | Noort Jahjono Wijayanto Saputro, S.H. |  MASA JABATAN 1999-2000 |
| 2. | Husni Rizal, S.H. |  masa jabatan 2000-2003 |
| 3. | Widiyono, S.H. |  masa jabatan 2003-2005 |
| 4. | Hartadi, S.H. |  masa jabatan 2005-2008 |
| 5. | H. A. S. Pujo Harsoyo, S.H., M.H. |  masa jabatan 2008-2009 |
| 6. | Barmen Sinurat, S.H., M.H. |  masa jabatan 2009-2010 |
| 7. | Hanoeng Wijayanto, S.H., M.H. |  masa jabatan 2010-2012 |
| 8. | H. Duta Baskara, S.H., M.H. |  masa jabatan 2012-2014 |
| 9. | Marolop Simamora, S.H., M.H. |  masa jabatan 2014-2015 |
| 10. | Agung Ciptoadi, S.H., M.H. |  masa jabatan 2016-2017 |
| 11. | Sapto Supriyono, S.H., M.H. |  masa jabatan 2017-2021 |
| 12. | Edi Subagiyo, S.H., M.H. |  masa jabatan 2021-2021 |
| 13. | R. Agung Aribowo, S.H. |  masa jabatan 2021-2023 |
| 14. | Dr. Etik Purwaningsih, S.H., M.H. |  masa jabatan 2023-2024 |
| 15. | Endi Nurindra Putra, S.H., M.H. |  masa jabatan 2024-sekarang |